মহানন্দা নদীর প্রধান উপনদীগুলো হলো পুনর্ভবা, নাগর, টাঙ্গন এবং কুলিক। এই নদীগুলো মূলত বাংলাদেশের উত্তরাঞ্চল বিশেষ করে দিনাজপুর ও নওগাঁ জেলা দিয়ে প্রবাহিত হয়।
১. ভৈরব ও বড়াল মূলত পদ্মা নদীর শাখা নদী হিসেবে পরিচিত, এগুলো উপনদী নয়।
২. কুমার নদী নবগঙ্গার একটি শাখা এবং এটি মহানন্দার প্রবাহ থেকে সম্পূর্ণ আলাদা।
৩. মহানন্দা একটি আন্তঃসীমান্ত নদী যা ভারতের পশ্চিমবঙ্গ থেকে বাংলাদেশে প্রবেশ করেছে।
অতিরিক্ত তথ্য: পুনর্ভবা নদীটি মহানন্দার সাথে ভারতের মালদহ জেলায় মিলিত হয়েছে।